国家外汇管理局为副部级国家局，内设综合司（政策法规司）、国际收支司、经常项目管理司、资本项目管理司、管理检查司、储备管理司、人事司（内审司）、科技司等8个职能司（室）和机关党委，设置中央外汇业务中心、外汇业务数据监测中心、机关服务中心、外汇研究中心等4个事业单位。

国家外汇管理局在各省、自治区、直辖市、部分副省级城市设立分局（外汇管理部），在部分地（市）设立中心支局，在部分县（市）设立支局。国家外汇管理局分支机构与当地中国人民银行分支机构合署办公。